大头瘟显著病症特征就是口渴，这也是陈实功等人辩证时病人重要表现之一。
这病症整体也就三四天，若不加诊治，十个人染病，三四天后只能活下来四五个。
而在这极短的感染过程中，早期症状为憎寒发热、头面红肿，有咽喉肿痛的也有的没有这种感觉；第二阶段便是口渴引饮、烦躁不安；到第三阶段则头面焮肿，咽喉、耳前，连及颌下颈部剧烈肿痛。
到第三阶段就再施以药石就很难救过来了，只有青霉有减轻症状的可能性，因为它比外敷内附的传统药物吸收快。
老鼠不怕人，为喝水几近疯狂，这一症状与受大头瘟影响的人极为相似。
陈实功到这时候才终于明白，他在城中看不到老鼠，并非通州城没有老鼠，而是老鼠都钻进地下水道了。
城中救治手段已几乎确定，除陈实功在北洋军医院从柑橘青霉中制取的青霉，其他主要施救手段以二圣救苦丸遏制新感染患者，中症与重症分施以普济消毒饮、人参败毒散辩证治疗，重症者下猛药牛蒡芩连汤，加以宣传让城中百姓以沸水冲泡清毒饮代茶水。
在药物治疗之外，主要手段仍为原始且有效的隔离，禁止百姓出门，家中备粮、禁止食肉。
其实撑到陈实功至通州的第三日，危机就已基本解除，因为物资供应上了。
城中所需青菜都是用青龙军列从天津拉过来的罐装泡菜，让百姓凑合着吃；京畿的棺材、北洋工业区的防护装备也都送了过来，为防尸首毒气感染，全由城中衙役入户收敛在陈实功的命令下拉到城外划出的墓园埋葬，他们与患病者亲属经过商议，待疫情结束另行祭拜。
而在第四日早，城外的观察所的旗军快马回报，从上游冲出大量死鼠，及其他小型毛虫尸首，被他们拦在河中的层层大网拦住。
由于观察所旗军离通州城较远，没有足够的防护措施，有人在处理尸首后出现畏寒发热，陈实功带队携药转移，将毛虫尸首从掩埋好的地下刨出，连就近泥土装了三百三十具棺材，挖坑焚烧一空。
随后的日子里，通州城内外患病消息此起彼伏，最远的病例出现在武清，但其既在军列线上又在电报线上，当地已做好充足防范，尽管人人自危，但都不再有大规模传染的情况，使用药物也已有分阶段的定例，起初声势浩大的大头瘟再难翻起什么风浪。
陈实功一封报告发进京师，第二天就有紫禁城内的宦官乘马车疾驰而来，给通州城外奋战数日的医户带来八百三十二枚万历皇帝的新玩意。
“北直隶总医官陈实功，危难之时向朕请缨入通州，带队平息瘟疫，有悬壶济世之功，特赐甲等金岐黄勋章一枚，赏银一千两；其所用青霉活人三十七，特赐丙等铜岐黄勋章一枚，赏银三百两，另有朕为赤子付诊金三十七两，合赏银一千三百两、付银三十七两，以资功勋。”
“江西医户龚廷贤，数年游医四方活人无数，创二圣救苦丸，值此通州大疫造药一千七百份，救治患者九百四十人，特赐甲等金岐黄勋章一枚，赏银一千两；另有朕为赤子付诊金九百四十两，合赏银一千两，付银九百四十两，以资功勋。”
除他二人外，八百三十名应募医户人人有赏，救活五十人以上者，授乙等银质岐黄勋章一枚，赏银五百两另有皇帝为百姓付的诊金；救活三十人以上，赐丙等铜制岐黄勋章一枚，赏银三百两，另付诊金；活人十人以上，赐丁等铜制岐黄勋章一枚，赏银百两，另付诊金。